Cuộc thất trận tệ hại nhất vẫn chưa xảy ra. Trong tháng Bảy, các lực lượng phe chúa Nguyễn, sau khi giành được lối tiếp cận với tòa thành, trận hạ thành Quy Nhơn đã chinh phục được thành Hoàng Đế và phủ Quy Nhơn, nơi họ đặt tên lại là Bình Định. Họ ở lại đó cho đến tháng 11 năm 1799, khi mà sự từ trần của vị cố vấn quân sự từ lâu của Nguyễn Phúc Ánh, đức giám mục Adran, Pigneau de Behaine, đã buộc họ phải gửi lực lượng chủ yếu về lại miền nam. Một hạm đội dưới quyền Tổng Binh Võ Tánh đã được lưu lại phòng vệ hải cảng ở đó, cửa Thị Nại, để chống lại hải tặc Tây Sơn.

Bình Định ở vị trí lẻ loi khó tiếp viện, nên mùa thu năm đó quân Tây Sơn vây thành và chận đường tiếp viện phía nam. Nhờ Võ Tánh giỏi cố thủ nên thành không bị mất. Năm Canh Thân (1800) chúa Nguyễn tự thân đi cứu viện đánh nhau nhiều phen với quân Tây Sơn nhưng không giải được vây.